Ο Άγιος Ιωάννης Χρυσόστομος εκοιμήθη από εξάντληση στις 14 Σεπτεμβρίου του 407 μ.Χ. κατά τη διάρκεια της τρίτης του εξορίας από την αυτοκράτειρα Ευδοξία και τάφηκε στα Κόμανα του Πόντου. Το σεπτό λείψανό του περίμενε επί τριάντα έτη, θαμμένο στον τόπο της εξορίας και του μαρτυρίου του.
Όταν όμως το 434 μ.Χ. πατριάρχης εξελέγη ο μαθητής του Άγιος Πρόκλος, παρεκάλεσε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο να ενεργήσει τα δέοντα, ώστε το λείψανο του μεγάλου αυτού πατέρα της Εκκλησίας να επιστρέψει στην Κωνσταντινούπολη. Και πράγματι, τέσσερα χρόνια αργότερα, στις 27 Ιανουαρίου του 438 μ.Χ. έγινε η Ανακομιδή των Ιεωρών Λειψάνων του Αγίου.
Η μεταφορά των ιερών λειψάνων από τα Κόμανα συνοδεύτηκε από μια επιστολή – διαταγή του αυτοκράτορα Θεοδοσίου Β’, υιού του Αρκαδίου και της Ευδοξίας, η οποία έγραφε:
«Επιστολή τού βασιλέως Θεοδοσίου.
Αλλά σύ, Πάτερ τιμιώτατε, συγχώρησον εις ημάς, οπού μετανοούμεν. Σύ γάρ εδίδαξες εις όλους τήν μετάνοιαν. Καί δός τόν εαυτόν σου, ώς πατήρ φιλοπαίς, εις ημάς τούς φιλοπάτορας υιούς σου, καί τούς σέ ποθούντας εύφρανον διά τής παρουσίας σου».
Αυτή την επιστολή του αυτοκράτορα την πήγαν στον Άγιο και την τοποθέτησαν πάνω στην λάρνακά του. Τότε ο Άγιος έδωσε τον εαυτό του στους απεσταλμένους του αυτοκράτορα και έτσι αυτοί μετέφεραν την λάρνακα που περιείχε το άγιο λείψανο στην Κωνσταντινούπολη, χωρίς να κοπιάσουν καθόλου. Η υποδοχή των ιερών λειψάνων του Αγίου υπήρξε παλλαϊκή. Σύσσωμος λαός, κλήρος και μοναχοί, με επικεφαλής τον αυτοκράτορα, τους αυλικούς, τη σύγκλητο και όλους τους άρχοντες, υποδέχθηκαν και προσκύνησαν με σεβασμό τα λείψανά του.
Με πολύ ευλάβεια μετέφεραν αρχικά τη λάρνακα στο ναό του Αποστόλου Θωμά, στα Αμαντίου, έπειτα δε στο ναό της Αγίας Ειρήνης. Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στο σύνθρονο και άπαντες εβόησαν: «Απόλαβε τόν θρόνον σου, Άγιε». Στη συνέχεια η λάρνακα τοποθετήθηκε σε αυτοκρατορική άμαξα και μεταφέρθηκε στο περιώνυμο ναό των Αγίων Αποστόλων. Εκεί έβαλαν το άγιο λείψανο πάνω στην ιερή καθέδρα και έγινε το θαύμα: ο Άγιος επεφώνησε προς τον λαό το «Ειρήνη πάσι». Έπειτα το εναπέθεσαν μέσα στο Άγιο Βήμα, κάτω από την Αγία Τράπεζα.
Η Σύναξη του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου ετελείτο στο πάνσεπτο ναό των Αγίων Αποστόλων. Ιερά λείψανα του Αγίου Ιωάννου του Χρυσοστόμου αφιέρωσε διά χρυσοβούλλου στη Μονή Μεγίστης Λαύρας του Αγίου Όρους ο αυτοκράτορας Ιωάννης Τσιμισκής (969 – 976 μ.Χ.) και τεμάχιο της αριστεράς χειρός ο Ανδρόνικος ο Παλαιολόγος (1282 – 1328 μ.Χ.), διά χρυσοβούλλου, τον Ιούλιο του έτους 1284 μ.Χ., στη Μονή Φιλοθέου του Αγίου Όρους. Επίσης, τμήματα του ιερού λειψάνου φυλάσσονται στις μονές Βατοπαιδίου, Ιβήρων, Αγίου Διονυσίου και Δοχειαρίου.
