Εκτός διάταξης βρέθηκε το ζήτημα της μισθοδοσίας των κληρικών, από την Έκτακτη Σύνοδο της Ιεραρχίας για τη συμφωνία Κράτους-Εκκλησίας. Γεγονός που συνεπάγεται πως η Σύνοδος αξιώνει την παραμονή των ιερέων στο μισθολόγιο του Δημοσίου.
Η έκτακτη Ιερά Σύνοδος δεν πραγματοποιήθηκε σε κλίμα απόλυτης αρμονίας, καθώς ακολούθησαν δύο αποχωρήσεις. Πρώτη αποχώρηση του Μητροπολίτη Μεσσηνίας Χρυσοστόμου και στη συνέχεια του Μητροπολίτη Καισαριανής Δανιήλ.
Οι δύο μητροπολίτες εξέφρασαν ανοιχτά την αντίρρησή τους στην προωθούμενη Συμφωνία.
Ο κ. Χρυσόστομος φαίνεται πως προκάλεσαν την έντονη δυσαρέσκεια τόσο στους ιεράρχες που είχαν συντάξει το κείμενο της συμφωνίας, όσο και τον ίδιο τον Προκαθήμενο της Ελλαδικής Εκκλησίας, ο οποίος του αφαίρεσε τον λόγο. Μετά και την εξέλιξη αυτή, ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας αποχώρησε από την αίθουσα της Συνόδου.
Κατά άλλες πληροφορίες, πάντως, ο κ. Χρυσόστομος διαφώνησε γιατί δεν συζητήθηκε η ρύθμιση που αλλάζει τον τρόπο μισθοδοσίας και το εργασιακό καθεστώς των κληρικών.
Σημειώνεται πως ο Μητροπολίτης Μεσσηνίας είναι ο ένας πόλος, ο οποίος αμέσως μετά τη Δευτέρα 6 Νοεμβρίου, όταν και ανακοινώθηκε η συμφωνία στο Μέγαρο Μαξίμου, ανέβασε τους τόνους κατά του περιεχομένου της συμφωνίας και κυρίως κατά της ρύθμισης που αλλάζει τον τρόπο μισθοδοσίας και το εργασιακό καθεστώς των κληρικών.
Ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών και Πάσης Ελλάδος Ιερώνυμος έθεσε τρεις προτάσεις στην ομιλία του, η οποία διήρκησε μιάμιση ώρα, κατά την έκτακτη συνεδρίαση της Ιεραρχίας της Εκκλησίας της Ελλάδος. Συνεδρίαση, η οποία θα αποφανθεί για το προσύμφωνο του Αρχιεπισκόπου με τον πρωθυπουργό Αλέξη Τσίπρα, για τις σχέσεις Κράτους-Εκκλησίας.
Ειδικότερα, ο κ. Ιερώνυμος πρότεινε να εγκριθούν τα 15 σημεία του σχεδίου συμφωνίας με τον πρωθυπουργό, κάνοντας έκκληση να μην απαξιωθεί η προσπάθεια. Επίσης, πρότεινε τη δημιουργία νομοπαρασκευαστικής ομάδας εργασίας που θα αποτελείται από αρχιερείς, που θα γνωρίζουν από νομικά, την νομική υπηρεσία της Ιεράς Συνόδου και κληρικούς, οι οποίοι θα δουλέψουν από κοινού με την Πολιτεία για τη διαμόρφωση του νομοσχεδίου. Σχέδιο νόμου το οποίο και θα τεθεί στη συνέχεια προς έγκριση στην Ιερά Σύνοδο.
Επιπλέον, ο κ. Ιερώνυμος είπε ότι θα καταβληθεί κάθε προσπάθεια, ώστε να διασφαλιστεί με κάθε τρόπο το ποσό που θα δίνει η Πολιτεία για την μισθοδοσία των κληρικών και τούτο να συμπεριληφθεί στη συνταγματική αναθεώρηση.
Ο Αρχιεπίσκοπος Ιερώνυμος είπε ακόμα ότι ασχολείται εδώ και 30 χρόνια με το θέμα της εκκλησιαστικής περιουσίας, κάτι που το έθεσε από την αρχή στον ενθρονιστήριο λόγο του. Προς τούτο, διευκρίνισε, ότι συνεργάστηκε με όλους τους πρωθυπουργούς από τον Γιώργο Παπανδρέου μέχρι και τον σημερινό πρωθυπουργό Αλέξη Τσίπρα, σημειώνοντας ότι ένα πρώτο βήμα έγινε με τον Αντώνη Σαμαρά για τη διαμόρφωση εταιρείας για την αξιοποίηση της εκκλησιαστικής περιουσίας. Μάλιστα, παρουσίασε τα πρακτικά όλων των ενημερώσεων στους αρχιερείς και την Ιερά Σύνοδο.
Σύμφωνα με πληροφορίες ο Αρχιεπίσκοπος είπε χαρακτηριστικά: «Ως επικεφαλής της Εκκλησίας της Ελλάδος έχω υποχρέωση και καθήκον να εργαστώ για την ευόδωση και την επίτευξη αυτών των στόχων. Δεν υπάρχει τρόπος να πάρει σάρκα και οστά αυτός ο οραματισμός, χωρίς ανθρώπους που να συμμερίζονται, να επιθυμούν και να αγωνιούν για την εκπλήρωση του. Απευθύνω, λοιπόν, θερμή παράκληση στον Ιερό Κλήρο και στα στελέχη του εκκλησιαστικού έργου: σταθείτε στο πλευρό μου, υιοθετήστε τις αγωνίες μου, αφουγκραστείτε τις προσδοκίες του λαού μας, συμμεριστείτε τις κοινές μας ευθύνες. Υπόσχομαι να σταθώ κοντά σας, να συμπαρασταθώ στις δυσκολίες σας, τα προβλήματα σας. Να καταβάλλω κάθε δυνατή προσπάθεια για την αναβάθμιση της διακονίας σας και την εξασφάλιση σας, όπως και των αγαπημένων σας προσώπων».
Κλείνοντας ο κ. Ιερώνυμος, υπογράμμισε ότι «παρά τις στεναχώριες των τελευταίων ημερών, η σημερινή ημέρα είναι η αφετηρία για μια ελεύθερη Εκκλησία».
